วัดปากน้ำภาษีเจริญ เป็นพระอารามหลวงชั้นตรี ตั้งอยู่ ณ ที่ราบลุ่มบางกอกซึ่งเป็นส่วนหนึ่งของดินดอนสามเหลี่ยมปากแม่น้ำเจ้าพระยา ตั้งอยู่ริมคลองหลวงหรือ คลองบางกอกใหญ่ อันเป็นลำแม่น้ำเจ้าพระยาเดิม ก่อนที่จะมีการขุดคลองลัดหน้าวัดอรุณราชวรารามและกลายเป็นลำแม่น้ำเจ้าพระยาในปัจจุบัน เนื่องจากวัดตั้งอยู่บริเวณปากคลองด่านที่แยกไปจากคลองบางหลวงอีกทีหนึ่ง ชื่อของวัดจึงถูกเรียกขานตามตำบลที่ตั้งว่า วัดปากน้ำ ซึ่งชื่อนี้มีปรากฏเรียกใช้ในจดหมายเหตุโบราณหลายฉบับ แต่ได้พบชื่อของวัดที่แปลกออกไปในแผนที่กรุงเทพฯ พ.ศ. 2453 และ พ.ศ. 2474 ว่า วัดสมุทธาราม แต่ไม่เป็นที่นิยมเรียกขานกันอย่างนั้น คงเรียกว่า วัดปากน้ำ มาโดยตลอด
ในสมัยรัชกาลที่ 4 ได้มีการขุดคลองภาษีเจริญที่ข้างวัดด้านทิศตะวันตก วัดจึงมีลำน้ำหลักล้อมอยู่ทั้ง 3 ด้าน ส่วนด้านใต้เป็นคลองเล็กแสดงอาณาเขตของวัดในสมัยก่อน วัดปากน้ำ เป็นวัดโบราณสร้างมาแต่สมัยกรุงศรีอยุธยาตอนกลาง ( ระหว่าง พ.ศ. 2031-2172) สถาปนาโดยพระราชวงศ์ในสมัยกรุงศรีอยุธยา แต่ไม่ปรากฏพระนามแน่ชัด เป็นวัดประจำหัวเมืองธนบุรี ปรากฏในตำนานเรื่องวัตถุสถานต่างๆ ซึ่งพระบาทสมเด็จพระนั่งเกล้าเจ้าอยู่หัวทรงสถาปนาว่าเป็นพระอารามหลวงครั้งกรุงศรีอยุธยา อันหมายถึงพระอารามที่พระเจ้าแผ่นดินหรือพระมเหสีทรงสถาปนาตั้งแต่สมัยกรุงศรีอยุธยานั้น หลักฐานทางโบราณวัตถุและโบราณสถานภายในวัดมีอายุย้อนไปถึงสมัยอยุธยาตอนกลาง ได้พบร่องรอยคลองเล็กด้านทิศใต้และทิศตะวันตกของวัด ที่โบราณขุดไว้เป็นแนวเขตที่ดินของวัดหลวงสมัยอยุธยา ที่ตั้งของวัดปากน้ำจึงมีลักษณะเป็นเกาะรูปสี่เหลี่ยมมีน้ำล้อมอยู่ทุกด้าน สถาปัตยกรรมและศิลปะวัตถุที่อยู่คู่วัดมาเช่น หอพระไตรปิฏก ตู้พระไตรปิฎกทรง